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Precedenti studi su animali da produzione alimentare hanno collegato l'uso di antimicrobici (AMU) e resistenza (AMR) in specie batteriche specificamente isolate. I dati per i vari paesi sono scarsi e descrivono solo le differenze tra i paesi. Questo studio indaga le associazioni tra resistoma mobile fecale suino e caratteristiche a livello di allevamento in tutta Europa.
Uno studio trasversale è stato condotto tra 176 allevamenti di suini convenzionali di 9 paesi europei. 25 campioni fecali sono stati raccolti da suini da ingrasso per allevamento e i resistomi acquisiti sono stati determinati utilizzando la "metagenomica del fucile" (shotgun metagenomics) ed il database di riferimento di Resfinder, ovvero, la raccolta completa dei geni AMR acquisiti orizzontalmente (ARG). I geni della resistenza sono stati calcolati in frammenti normalizzati per kilobase di riferimento per milione di frammenti batterici (FPKM). Dati specifici sono stati raccolti a livello di allevamento (AMU, biosicurezza). Meta-analisi degli effetti casuali sono state eseguite per paese, mettendo in relazione i dati a livello di allevamento con le abbondanze relative di ARG (FPKM).
L'AMU totale durante l'ingrasso era correlata positivamente all'ARG totale (FPKM totale). Associazioni positive sono state osservate in particolare tra macrolidi e tetracicline ampiamente utilizzati e gli ARG corrispondenti alle rispettive classi antimicrobiche. Non sono state trovate associazioni AMU-ARG significative per i β-lattamici e sono stati trovati solo pochi ARG della colistina, nonostante l'elevato uso di queste classi di antimicrobici nei suini più giovani. L'aumento della biosicurezza interna era direttamente correlato a una maggiore abbondanza di ARG che codificano principalmente la resistenza ai macrolidi. Questi effetti di biosicurezza erano indipendenti dall'AMU nei modelli adattati reciprocamente.
L'uso dei dati sul resistoma negli studi di associazione è senza precedenti e aggiunge precisione e nuove intuizioni alle associazioni AMU-AMR precedentemente osservate. I componenti principali del resistoma suino sono associati positivamente e indipendentemente all'AMU nell'allevamento ed alle condizioni di biosicurezza.
Van Gompel L, Luiken REC, Sarrazin S, et al. The antimicrobial resistome in relation to antimicrobial use and biosecurity in pig farming, a metagenome-wide association study in nine European countries. Journal of Antimicrobial Chemotherapy. 2019; 74(4): 865–876. https://doi.org/10.1093/jac/dky518
