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La previsione dell'efficacia dei vaccini contro i ceppi di patogeni emergenti è un grosso problema nella progettazione di vaccini per l'uomo e gli animali. La conservazione crociata degli epitopi delle cellule T può svolgere un ruolo importante nell'efficacia della protezione crociata dei vaccini. Sebbene i titoli anticorpali dell'inibitore dell'emoagglutinazione (HI) del virus dell'influenza A (IAV) siano ampiamente utilizzati per prevedere l'efficacia protettiva di un vaccino IAV contro nuovi ceppi, non è stata identificata una correlazione protettiva simile per gli epitopi delle cellule T. In questo studio, è stato sviluppato un metodo computazionale (EpiCC) che facilita il confronto a coppie di sequenze proteiche sulla base di una proprietà immunologica - il contenuto dell'epitopo delle cellule T - piuttosto che sull'identità della sequenza. La loro capacità di classificare la parentela dei ceppi IAV suini è stata valutata anche per stimare il potenziale di protezione crociata di un ceppo vaccinale per i virus circolanti. I punteggi di parentela dell'epitopo delle cellule T sono stati analizzati per 23 sequenze di emoagglutinina (HA) IAV, che rappresentano il principale phylum IAV H1 suino circolante in Nord America, e sequenze HA in un vaccino inattivato commerciale (FluSure XP®). I punteggi sono stati confrontati con i dati sperimentali di precedenti studi di efficacia.
Punteggi EpiCC più elevati sono stati associati a una maggiore protezione del vaccino contro i ceppi per 23 confronti di ceppi vaccinali IAV di campo. È stata identificata una soglia per classificare la correlazione EpiCC associata a protezione totale o parziale in assenza di anticorpi HI cross-reattivi. I punteggi EpiCC sono stati calcolati anche per i ceppi di campo contro i quali FluSure non protegge ancora.
Le soglie EpiCC possono essere valutate per determinare l'accuratezza della previsione della protezione in futuri studi sull'efficacia. EpiCC può anche integrare la filogenesi e la reattività crociata di HI per la selezione dei ceppi influenzali nello sviluppo dei vaccini.
Gutiérrez AH, Rapp-Gabrielson VJ, Terry FE, et al. T-cell epitope content comparison (EpiCC) of swine H1 influenza A virus hemagglutinin. Influenza Other Respi Viruses. 2017; 11: 531-542. https://doi.org/10.1111/irv.12513