Diagnosi di Laboratorio: Rotavirus

Esistono 3 gruppi principali di Rotavirus che causano la diarrea nei suini: Rotavirus A, Rotavirus B e Rotavirus C. Ogni gruppo di virus è diverso dagli altri e richiede test specifici progettati per loro. La diarrea nei suini spesso comporta infezioni con più gruppi di rotavirus contemporaneamente.

Test disponibili:

Patologia macroscopica

• Valuta la presenza di assottigliamento della parete dell'intestino tenue che può suggerire la presenza di malattia.
• Localizzazione delle lesioni: digiuno e ileo.
• Pro:
  • Risultati rapidi ed economici
  • Applicabile a tutti e tre i gruppi di rotavirus
• Contro:
  • Non diagnostici: lesioni simili possono essere riscontrate con altre malattie, in particolare infezioni da coronavirus (gastroenterite trasmissibile, diarrea epidemica suina e delta coronavirus suino)
  • Richiede tessuti freschi (<15 minuti) poiché la decomposizione modifica drasticamente l'aspetto dell'intestino tenue
  • Non distingue tra diversi gruppi di rotavirus

• Valuta la presenza di lesioni tissutali (atrofia dei villi dell'intestino tenue) che possono fortemente suggerire la presenza di malattia.
• Tipi di campioni: tessuto del digiuno e dell'ileo.
• Pro:
  • Conferma l'atrofia dei villi che suggerisce un'enterite virale
• Contro:
  • È necessario fissare i tessuti intestinali con formalina in meno di 15 minuti dalla morte dell'animale. Il tessuto intestinale si decompone rapidamente.

Immunoistochimica (IHC)

• Rileva la presenza dell'antigene virale.
• Tipi di campioni: tessuto del digiuno e dell'ileo.
• Pro:
  • Diagnosi definitiva: può confermare la presenza del virus con lesioni associate.
• Contro:
  • Attualmente disponibile solo per Rotavirus A e Rotavirus C (non disponibile per Rotavirus B)

Polymerase chain reaction (PCR)

• Rileva la presenza di una sequenza specifica di acido nucleico virale (RNA).
• Tipi di campioni: tessuti intestinali del digiuno e dell'ileo, tamponi fecali, feci.
• Pro:
  • La PCR multiplex è in grado di rilevare diversi gruppi di rotavirus, tra cui Rotavirus A, Rotavirus B e Rotavirus C
  • Alta sensibilità.
  • Quantificazione tramite PCR
  • Costo moderato
    • I campioni di feci o tessuti possono spesso essere raggruppati per ridurre i costi e minimizzare la perdita di sensibilità (soprattutto per quanto riguarda la rilevanza clinica).
• Contro:
  • Alta sensibilità – può confermare la presenza del virus ma non della malattia (alta prevalenza del virus nell’ambiente)

Isolamento del virus

• Isola il virus vivo.
• Tipi di campioni: tessuti intestinali del digiuno e dell'ileo, tamponi fecali, feci.
• Pro:
  • Isolamento del virus da utilizzare nello sviluppo di vaccini (vaccini stabulogeni)
• Contro:
  • Caro
  • Risultati lenti
  • Attualmente disponibile solo per il Rotavirus A e non per il Rotavirus B o il Rotavirus C
  • Spesso difficile da coltivare (molti falsi negativi)
  • La manipolazione dei campioni dal campo al laboratorio può influenzare la sopravvivenza del virus

Enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA)

• Rileva la presenza di anticorpi.
• Tipi di campioni: siero.
• Pro:
  • Gli animali rimangono positivi per diverse settimane
  • Può identificare allevamenti negativi.
• Contro:
  • L'elevata prevalenza del virus nell'ambiente determina un'esposizione comune in molti/la maggior parte dei suini
  • Richiede un test specifico per ciascun gruppo di rotavirus
  • Non esiste protezione crociata tra i diversi gruppi di rotavirus.

Tabella 1. Riepilogo dei test applicabili rispetto ai diversi gruppi di rotavirus.

Interpretazione dei risultati:

Patologia macroscopica

• Positivo: Conferma preliminare della presenza di assottigliamento intestinale.
• Negativo: i casi precoci o lievi potrebbero non manifestare lesioni intestinali estese.

Istopatologia

• Positivo: conferma della malattia, ma non della causa della malattia.
• Negativo: il risultato negativo o le lesioni non vengono rilevate se viene testato il campione non corretto o se viene eseguito troppo tempo dopo l'infezione.

IHC

• Positivo: il virus è presente nel sito della lesione.
• Negativo: negativo oppure il virus non viene rilevato se il test viene eseguito molto tempo dopo l'infezione o se la concentrazione del virus è troppo bassa (presente solo per un breve periodo di tempo).

PCR

• Positivo: Conferma della presenza dei diversi gruppi di rotavirus (A, B e C).
• Negativo: negativo, il virus non viene rilevato se il test viene eseguito molto tempo dopo l'infezione o a causa di una selezione o manipolazione errata del campione.

Isolamento del virus

• Positivo: conferma della presenza del virus ma non della malattia.
• Negativo: negativo, il virus non viene rilevato se il test viene eseguito molto tempo dopo l'infezione o semplicemente non può crescere a causa di altra contaminazione o cattiva manipolazione (presente ma molto difficile da coltivare). Non rileva Rotavirus B o Rotavirus C.

ELISA

• Positivo: precedente esposizione (> 2-4 settimane) al vaccino o al virus di campo. Nessuna associazione tra positività e malattia.
  Negativo:
  • Negativo al vaccino o al virus di campo
  • Infezione troppo recente per essere rilevata

Scenari:

Suinetti neonati con diarrea (acuta o cronica)

• Raccogliere campioni fecali da 10 o più suini non trattati, con diarrea ed inviarli per il test PCR per Rotavirus A, Rotavirus B e Rotavirus C in pool di 5.
• Necroscopia di 1-3 suini recentemente morti o suini sottoposti a eutanasia con diarrea. Valutare macroscopicamente il digiuno e l'ileo per l'assottigliamento della parete intestinale. Raccogliere campioni e fissarli in formalina per istopatologia e IHC.

Suinetti appena svezzati con diarrea (acuta o cronica)

• Raccogliere campioni fecali da 10 o più suini non trattati con diarrea e inviarli per il test PCR per Rotavirus A, Rotavirus B e Rotavirus C in pool di 5.
• Necroscopia di 1-3 suini recentemente morti o suini sottoposti a eutanasia con diarrea. Valutare macroscopicamente il digiuno e l'ileo per l'assottigliamento della parete intestinale. Raccogliere campioni e fissarli in formalina per istopatologia e IHC.