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Proposta di una nuova metodologia di genotipizzazione del PCV-2

Ulteriori sforzi devono essere fatti per ottenere una rappresentazione più omogenea e informativa dello scenario globale del PCV-2....

Martedì 15 Gennaio 2019 (3 mesi 9 giorni fa)
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Il circovirus suino 2 (PCV-2) è una delle infezioni virali più frequenti nei suini, causando un notevole impatto economico a causa dei costi diretti e indiretti del suo controllo. Come altri virus ssDNA, il PCV-2 è caratterizzato da un alto tasso di evoluzione, che porta alla comparsa di un gran numero di varianti con differenti caratteristiche biologiche ed epidemiologiche. Nel corso del tempo, sono stati fatti diversi tentativi per organizzare l'eterogeneità genetica di PCV-2 in genotipi riconosciuti. Questa categorizzazione ha chiaramente semplificato le indagini epidemiologiche, consentendo l'identificazione di diversi modelli spaziali e temporali tra i genotipi. Inoltre, è stata sollevata l'ipotesi della virulenza variabile e dell'efficacia del vaccino. Tuttavia, il rapido aumento dell'attività di sequenziamento, insieme all'elevata variabilità virale di per sé, ha messo in discussione la nomenclatura precedentemente stabilita, portando alla definizione di diversi genotipi specifici per gli studi e ostacolando la capacità di effettuare studi epidemiologici comparabili.

Sulla base di queste premesse, viene presentato uno schema di classificazione aggiornato. Riconoscendo l'impossibilità di definire un chiaro limite di distanza tra due sequenze (distanza-p) tra i cluster, il presente studio propone una definizione di genotipo basata sulla filogenesi basata su tre criteri: un massimo intra-genotipo di p-distanza del 13 % (calcolato sul gene ORF2), valori di bootstrap nel nodo interno corrispondente superiore al 70% e almeno 15 sequenze disponibili. Questo schema ha permesso di definire 8 genotipi (da PCV-2a a PCV-2h), sei dei quali erano stati precedentemente proposti. Per minimizzare l'inconveniente di implementare una nuova classificazione, i nomi più comuni sono stati mantenuti il più possibile. L'analisi dei metadati associati alle sequenze ha evidenziato un'attività di sequenziamento fortemente sbilanciata in termini di distribuzione geografica, temporale e dell'ospite. Lo scenario epidemiologico molecolare di PCV-2 appare quindi caratterizzato da un serio pregiudizio che potrebbe portare a false associazioni tra caratteristiche genetiche e caratteristiche biologiche virali / epidemiologiche. Sebbene la classificazione raccomandata possa stabilire un "linguaggio comune" per gli studi futuri, occorre compiere maggiori sforzi per ottenere una rappresentazione più omogenea e informativa dello scenario globale PCV-2.

Franzo G, Segalés J. Porcine circovirus 2 (PCV-2) genotype update and proposal of a new genotyping methodology. PLoS One. 2018;13(12):e0208585. Published 2018 Dec 6. doi:10.1371/journal.pone.0208585 PMID: 30521609 PMCID: PMC6283538 DOI: 10.1371/journal.pone.0208585

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